Nejstarší mincovna v Praze stávala v 10. století pravděpodobně na Pražském hradě poblíž třetího nádvoří. Je ale také možné, že se první mince razily v podhradí u Malostranského náměstí a až poté se začalo razit na Hradě. Její činnost dokládají mince s označením místa ražby PRAGA CIVITAS (město Praha). Jako první se v pražské mincovně razily denáry. Měly průměr 18 až 20 milimetrů a vážily kolem jednoho gramu. Jednalo se o první české stříbrné mince, které vznikly za vlády krále Boleslava I., jejich ražba skončila až s nástupem pražského groše.
V letech 992 až 1012 vzniklo na 32 typových variant českých denárů. Většina vyšehradských denárů má na lícní straně jméno panovníka (obvykle BOLEZSAV nebo BOLEZLAUS), za kterým následuje titul DVX. Na rubové straně bývá vyznačené místo ražby VAISGRAD, VSIGRAD nebo VITTEGDAD. Pro vyšehradskou mincovnu je charakteristické používání slovanských výrazů namísto obvyklých latinských.
Z Vyšehradu mincovna přesídlila ve druhé polovině 12. století do podhradí, na Staré Město a Staroměstské náměstí.
Po mincovní reformě, kterou v roce 1300 uskutečnil král Václav II. se výroba mincí přesunula z Prahy do Kutné Hory. Už v roce 1325 ale začíná pražská mincovna s ražbou zlatých florénů. Podnět k jejich výrobě dal panovník Jan Lucemburský, který tak chtěl zvýšit svoji prestiž a zároveň pomoci královské pokladně. Florény vznikaly ze zlata vytěženého na území Čech a dostaly jméno podle vzoru užívaného v Itálii, kterému se podobaly. Zavedení výroby mince totiž dostali na starost odborníci z toskánského města Florencie. Za Karla IV. se upraveným florénům začalo říkat dukáty, ty starší byly královské, mladší císařské. V Praze se dukáty razily ještě za Václava IV., jejich produkce ale slábla.
Obnovení zlatých dukátů v Praze se odehrálo za vlády Vladislava II. Jagellonského. Pražská mincovna měla za Lucemburků a později za Jagellonců specifické postavení, protože razila pouze zlaté mince. Až za vlády krále Ferdinanda I. začala produkovat velmi populární stříbrné tolary, které razily i další mincovny. První takzvané šlikovské tolary razila mincovna v Jáchymově už v období vlády Ludvíka I. Jagellonského. Tolarem se platilo na většině území střední i západní Evropy. V čele mincovny stál panovníkem jmenovaný mincmistr, na kvalitu dohlížel vardajn.
Produkce pražské mincovny po celé období kolísala. Doby, kdy zpracovávala velké zakázky, střídala stadia útlumu nebo úplného zastavení výroby.
Období prosperity pražské mincovny předznamenalo zrušení mincovny v Kutné Hoře v roce 1726. Tehdy se v Praze razily mince v objemu sto tisíc zlatých ročně. Význam pražské mincovny přetrvával i za vlády Marie Terezie, přestože dílnu opouštěly jen některé nominály. Nejvýznamnější byla ražba dvacetikrejcarů, která od roku 1754 dosahovala ročního objemu kolem tří set tisíc zlatých. Kvůli centralizační politice Josefa II. skončila práce pražské mincovny v roce 1784, o jedenáct let později ale znovu obnovila výrobu, tentokrát na novém místě v areálu paulánského kláštera. Její provoz se uzavřel 3. ledna 1856, o rok později došlo k definitivnímu uzavření pražské mincovny.